Finalità
Purpose

Il corso fornisce agli studenti gli strumenti concettuali e pratici per progettare e condurre systematic review e meta-analisi su studi di risonanza magnetica funzionale (fMRI) e tomografia a emissione di positroni (PET). In particolare, verrà utilizzato l’approccio basato su coordinate (CBMA), il metodo più diffuso in ambito neuroscientifico per la sintesi quantitativa dei dati.
Il corso guiderà gli studenti attraverso l’intero workflow di una meta-analisi: dalla definizione della domanda di ricerca alla selezione degli studi, dall’estrazione e analisi dei dati fino all’interpretazione e presentazione grafica dei risultati. Verranno introdotti i principi teorici della sintesi quantitativa e le linee guida internazionali (PRISMA), insieme ai metodi di convergenza spaziale come l’Activation Likelihood Estimation (ALE). Particolare attenzione sarà dedicata alla preparazione del dataset per le analisi (estrazione delle coordinate stereotassiche) e all’utilizzo del software GingerALE.
Tutte le lezioni includeranno una componente teorica e una pratica, con l’obiettivo di fornire competenze immediatamente applicabili in ambito di ricerca. L’interazione diretta sarà incoraggiata durante tutto il corso.

The course provides students with conceptual and practical skills to design and conduct systematic reviews and meta-analyses on functional magnetic resonance imaging (fMRI) and positron emission tomography (PET) studies. In particular, the course will focus on the coordinate-based approach (CBMA), the most widely used method in neuroscience research for the quantitative synthesis of data.
Students will be guided through the complete workflow of a meta-analysis: from defining the research question to study selection, data extraction and analysis, up to the interpretation and graphical presentation of the results. The course will introduce theoretical principles of quantitative synthesis and international guidelines (PRISMA), alongside spatial convergence methods such as Activation Likelihood Estimation (ALE). Special attention will be given to dataset preparation (extraction of stereotactic coordinates) and the use of GingerALE software.
All lessons will include both theoretical and practical components, aiming to provide immediately applicable research skills. Direct student interaction will be encouraged throughout the course.

Software utilizzato
Software used

Il corso richiede l’utilizzo di software gratuiti e liberamente scaricabili:

- GingerALE (BrainMap)

- Software per visualizzazione neuroanatomica (Mango, MRIcron, MRIcroGL)

- Software di gestione bibliografica (es. Mendeley)

The course requires the use of free and freely downloadable software.

-  GingerALE (BrainMap)

- Neuroanatomical visualization software (Mango, MRIcron, MRIcroGL)

- Bibliographic management software (e.g., Mendeley)

Programma del corso
Course program

Lezione 1
- Differenza tra review tradizionali, systematic review e meta-analisi
- Introduzione al neuroimaging funzionale (fMRI e PET)
- Meta-analisi basate su coordinate cerebrali (CBMA) e algoritmo ALE

Lezione 2
- Progettazione di una meta-analisi (definizione degli obiettivi, pre-registrazione, definizione dei criteri d’inclusione)
- Strategie di ricerca nei database scientifici: costruzione delle stringhe e screening degli studi
- Linee guida PRISMA (costruzione di una flow-chart)

Lezione 3
- Classificazione degli studi e delle variabili sperimentali
- Estrazione e conversione delle coordinate di attivazione (Talairach e MNI)
- Organizzazione e preparazione del dataset per le analisi

Lezione 4
- Utilizzo del software GingerALE e settaggio dei parametri per le analisi (Family-Wise Error, p-value, soglie di cluster)
- Analisi principali e avanzate (contrasto e congiunzione)
- Visualizzazione dei risultati (MRIcron, Mango, MRIcroGL) e creazione di figure adatte per presentazioni scientifiche
- Interpretazione delle mappe di attivazione e significato funzionale dei cluster
- Reporting dei risultati, limiti metodologici e discussione critica

Lezione 5
- Sessione Q&A
- Prova finale

Lesson 1
- Difference between traditional reviews, systematic reviews, and meta-analyses
- Introduction to functional neuroimaging (fMRI and PET)
- Coordinate-based meta-analyses (CBMA) and Activation Likelihood Estimation (ALE) algorithm

Lesson 2
- Designing a meta-analysis (defining objectives, pre-registration, and inclusion criteria)
- Literature search strategies in scientific databases: constructing search strings and screening studies
- PRISMA guidelines: constructing a flow chart

Lesson 3
- Classification of studies and experimental variables
- Extraction and conversion of activation coordinates (Talairach and MNI)
- Organization and preparation of the dataset for analyses

Lesson 4
- Using GingerALE software and setting analysis parameters (Family-Wise Error, p-value, cluster thresholds)
- Main and advanced analyses (contrast and conjunction)
- Visualization of results (MRIcron, Mango, MRIcroGL) and creation of figures suitable for scientific presentations
- Interpretation of activation maps and functional significance of clusters
- Reporting results, methodological limitations, and critical discussion

Lesson 5
- Q&A session
- Final exam