Finalità
Purpose

Il corso mira a fornire ai partecipanti le competenze necessarie per preparare ed eseguire una pipeline di analisi dei dati fMRI, con un focus sull'analis dei dati funzionali task-related. Verranno affrontate le fasi chiave, dal preprocessing al set-up e stima del Modello Lineare Generale. Inoltre, il corso offrirà un'introduzione teorica e pratica ai metodi di analisi della connettività funzionale applicati ai dati resting-state, fornendo una panoramica sulle principali metriche e approcci utilizzati in questo ambito.

The course aims to equip participants with the necessary skills to prepare and execute an fMRI data analysis pipeline, with a focus on task-related functional data analysis. Key stages will be covered, from preprocessing to the setup and estimation of the General Linear Model. Additionally, the course will provide both a theoretical and practical introduction to functional connectivity analysis methods applied to resting-state data, offering an overview of the main metrics and approaches used in this field.

Software utilizzato
Software used

SPM12: https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/

CONN: https://web.conn-toolbox.org/

Programma del corso
Course program

Giorno 1 – Fondamenti e preparazione dei dati
• Introduzione ai principi del neuroimaging funzionale
• Conversione dei dati: da DICOM a NIFTI
• Introduzione a SPM12: controllo di qualità e ispezione visiva dei dati
Giorno 2 – Preprocessing del dato fMRI
• Preprocessing dei dati strutturali e funzionali: passaggi chiave e best practices
Giorno 3 – Analisi statistica del segnale fMRI
• Set-up e stima del modello lineare generale (GLM) a livello del singolo soggetto (first-level analysis)
• Configurazione dell'analisi a livello di gruppo (second-level analysis)
Giorno 4 – Analisi della connettività funzionale
• Introduzione alla toolbox CONN e alle sue funzionalità
• Preprocessing e denoising dei dati resting-state: rimozione di segnali non neurali
• Principi e metodi di analisi della connettività funzionale: ROI-to-ROI, Seed-to-Voxel
Giorno 5 – Ripasso e pratica
• Chiarimento di concetti appresi nei giorni precedenti
• Prova pratica in autonomia

Day 1 – Fundamentals and Data Preparation
• Introduction to the principles of functional neuroimaging
• Data conversion: from DICOM to NIFTI
• Introduction to SPM12: quality control and visual inspection of data
Day 2 – fMRI Data Preprocessing
• Preprocessing of structural and functional data: key steps and best practices
Day 3 – Statistical Analysis of fMRI Signals
• Setup and estimation of the General Linear Model (GLM) at the single-subject level (first-level analysis)
• Configuration of group-level analysis (second-level analysis)
Day 4 – Functional Connectivity Analysis
• Introduction to the CONN toolbox and its functionalities
• Preprocessing and denoising of resting-state data: removal of non-neural signals
• Principles and methods of functional connectivity analysis: ROI-to-ROI, Seed-to-Voxel
Day 5 – Review and Practical Application
• Clarification of concepts learned in previous sessions
• Hands-on practical session for independent practice

Prerequisiti
Prerequisites  

Familiarità con la statistica di base.
Familiarity with basic statistics.

Durata del corso/Duration of the course: 20 ore/hours

Aule di svolgimento delle lezioni/Classrooms for lessons: Aula CARS (Piano Terra, Psico1)

Possibilità di erogare il corso in inglese/Possibility of delivering the course in English: Si/Yes

Numero massimo partecipanti/Maximum number of participants: 10

Conduttore/Conductor: Cristiano Costa

cristiano.costa@unipd.it

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